但是当时除非利士人外，以色列面临的最大威胁是住在西奈山和迦南之间广阔土地上的亚玛力人。要说起来，亚玛力人还是以色列的远亲，他们是雅各的哥哥以扫的后代。但是现在经常成群结队地到迦南南部地区烧杀抢掠，强烈地冲击着以色列民族。几年来，扫罗因为忙于对付其他邻近的民族，没有顾得上攻击亚玛力人。
这使大祭司撒母耳很不满。撒母耳教训扫罗说："耶和华差遣我膏你为王，治理他的百姓。你应该听从他的话：'以色列人出埃及的路上，亚玛力人怎样待他们，怎样抵挡他们，我都没忘。
现在你要去击打亚玛力人，灭尽他们所有的，不可怜惜他们。不分男女老少幼，不分牛、羊、骆驼或驴，都要尽行杀死。'"扫罗遵旨，招集百姓会师在提拉因，数兵点将，步兵多达20万，还不算犹大人的：万士兵在内。扫罗带着这个庞大的兵团，在亚玛力人京城外的河谷地带设下埋伏，大败亚玛力人。
他们接着追杀亚玛力人，从哈胖拉直到埃及前的书珥，生擒了亚玛力王亚甲。但是扫罗犯了不可饶恕的罪过，因为他不肯照撒母耳的命令灭绝一切牛羊牲畜，私自保留了其中肥美的部分，只把丑陋瘦弱的杀死;更有甚者，扫罗因为佩服亚甲王的坚强不屈，竟然大发恻隐之心，赐以活命;有人还对撒母耳吹耳边风：扫罗在迦密为自己立了歌功颂德的纪念碑，现在下到吉甲去了。
撒母耳闻风而动，来到吉甲。扫罗毕恭毕敬地迎他到营地之外，对他说："愿耶和华赐福与你，他的命令我已经执行了。"
撒母耳撩着雪白的胡须，看着身旁这位低头弯腰的大个子国王，问："我听见有羊叫、牛鸣的声音，是从哪里来的呢?"
扫罗有些不好意思地一笑，说："这些是从亚玛力人那里带来的，因为百姓看到上好的牛羊白白地杀了觉得可惜，就留了下来，要献与您的神耶和华。其余的我们都灭尽了。"
撒母耳有些生气了，他提高嗓门说："你住口吧!等我把耶和华昨夜向我所说的话告诉你。"
扫罗说："请讲。"
"耶和华说，他后悔膏你为以色列的王，因为你现在不遵守他的命令。"撒母耳简要而明白他说。
扫罗一听这话急了，他不想就这样失去王位，竭力辩解说："我实在听从了耶和华的命令，完成了耶和华派给我的任务。我灭了亚玛力人，擒了他们的王来，把最好的牲畜拉回来献给耶和华您的神。"
可是辩解已经失去意义了，撒母耳代表上帝说话，他的心已经离扫罗而去。他反驳扫罗说："耶和华喜欢燔祭和平安祭，难道不是更加喜欢人听他的话吗?听命胜于献祭，顺从胜于公羊的脂油。悻逆的罪，与行邪术的罪相等;顽梗的罪，与拜虚神和偶像的罪相同。你既厌弃那和华的命令，耶和华也厌弃你作王。"
扫罗见硬顶没用，态度马上软了，他说："我知道我有罪。现在求您同我一同回营去，我好敬拜耶和华。"
"今天那和华使以色列国与你断绝关系，将这国赐与比你更好的人。"撒母耳并不愿意给扫罗这个面子：跟他进营地，就等于承认他作王的地位。撒母耳说完，转身要走，扫罗就扯住他外袍的衣襟，不肯撤手，直到把衣襟扯坏。
大祭司过大营而不入将使扫罗的国王地位失去神圣的光环。
扫罗不顾尊严。再一次苦苦哀求："我承认，我有罪。尽管如此，在还没有新国王代替我发挥作用之前，求你看在那和华的面子上，跟我进去一趟，在全会众面前抬举我。"
撒母耳想，现在还不是给扫罗的颜色看的最后时刻，于是他改变了主意，转身跟随扫罗回去，扫罗就作大祭司的助手，敬拜上帝。
行完敬拜礼，撒母耳说："把亚玛力王亚甲带来。"
亚甲一听以色列的大祭司召见，以为会有什么赦令发布，就欢欢喜喜地出来。
撒母耳委婉地宣布了对亚甲的死刑判决："你既用刀使妇人丧子，同样，你母亲在妇人中，也必丧子。"撒母耳说着在吉甲耶和华的神坛面前，将亚甲杀死。
当时在吉甲的将士并不知道国王与大祭司之间的冲突。
不久，撒母耳回到拉玛琐非，至死未同扫罗见面。但他放出风声说，他不该立扫罗为王;耶和华后悔立扫罗为王。
撒母耳开始隐秘地物色新的国王人选。(撒上14：47一15：35)
