这部电影的主题终于涉及到了超级英雄与普通民众的共存问题。
导火线是一次追击人物，由于复联新晋成员的失误导致整栋大楼被炸毁，死伤无数，联合之前大大小小的战役，尤其是索科维亚整个城市差点被毁事件，民众对于超级英雄的不满达到极点：超级英雄在救赎的同时也在伤害。
于是政府联合国际组织联络超级英雄提出了《索科维亚协议》，要求超级英雄接受监视和管制。于是复仇者联盟内部分裂成两个阵营。
一方是以坚持超英自由的美队为代表，不愿意签订协议，一方则是被无辜群众的母亲指责而忏悔的钢铁侠为代表，认为签订协议对大家都好。
就在他们内讧的档口，反派开始闹事，先是冒充巴基破坏了联合国会议，又各种伤害无辜。美队坚信是有人冒充巴基于是不顾政府的临时协议擅自离开。
坏人的目的其实是为了把他们引到“冬日战士”的冰封基地，想要毁了所有像巴基这样的超级杀手。
经过重重阻挠和抗争，美队小队成员牺牲自己让美队和巴基成功的追到坏人，就连钢铁侠也为了这群朋友对政府撒谎前往帮助。
但更具戏剧性的画面是钢铁侠费劲心思想要挽留和帮助的美队，一直保护的人巴基是杀害霍华德夫妇的凶手。美队知道这件事情却从来没有说过。
仇恨与被背叛的情绪一起涌上心头，三个人开始了《美队3》最精彩的“内战”。
钢铁侠的盔甲一度被打到无法攻击也想要打到巴基，美队在两个朋友当中选择了帮助巴基让托尼非常失望，没有机甲的托尼只是个普通人，而美队和巴基都是接受改造过的体能过人的超级战士，二打一果然惨败。托尼百感交集以致于“那是我爸爸的盾你不配拥有它”都说出来了。
于是美队舍弃了盾，带着巴基离开。这也是《美队三》的另一个主题，“如果美队没有盾，还是什么。”
漫威的个人电影都讲述了超级英雄的成长历程，美队最后舍弃了盾牌，同时也舍弃了复仇者联盟领袖之一的地位。不再是公众眼前的超级英雄的美国队长，只是普通的史蒂夫罗杰斯，这样的他已经从一个救世主变成了一个爱国者。
最后巴基选择了再次沉睡，而美队隐匿，但即便如此，他也说只要复联的各位有需要帮助的地方，他都会义无反顾的回来。
由于是美队的个人电影，所以钢铁侠在这一部里面格外凄惨，小队里除了新加入的蜘蛛侠和罗德上校，几乎不算是真心为了他而站队的，比起一心只为美队的美队成员真的一个天上一个地下。
而罗德上校在这里面因为幻视的原因还成了残废……最后，复仇者联盟七零八落，钢铁侠最后究竟有没有原谅美队大概只有他自己知道。
《美队3》是漫威目前为止超级英雄出现最全的电影，最大的看点就是机场的那场两个小队的战斗戏。但是结局以幻视徇私黑寡妇放水而告终。
但是能看到这么多超级英雄齐聚一堂对于影迷来说已经是一场视觉盛宴了。
