但是，女娲创造的人类与天神太过相像，遭到了许多天神的反对。在众天神的再三考虑下，他们一致认为：人类这种卑微的生物没有资格与神共处，亦或者，人类这种生物本就不该存在。女娲极力反对众天神，并一心为人类辩解。最终女娲抵不过众天神，被太阳神带领众天兵困在了九重天。在测算到玉帝将派共工去撞到不周山之后，女娲便拼尽全力于太阳神大战。
女娲打败了太阳神，冲下九重天，想去阻止共工，但是，她已经耗损了大量神力，无力再与共工大战。只得眼睁睁看着共工撞倒了不周山。不周山是当初女娲创造人类是立下的一根天柱。不周山一倒，天地轰隆，空中划过一道闪电，闪电划过的地方，瞬间就裂开了一道道口子，源源不绝的洪水从天上倾盆而下。
人类死的死，伤的伤，洪水泛滥成灾，百姓们有的拼命往山上跑，有的被洪水四处冲走，有的被完全被洪水淹没。女娲看着奄奄一息的人们，心里是又难过又心疼。她决定去寻找五色石来拯救她的孩子们，五色石是集天地精华的五种不同颜色的玉石，用它们来补天是再适合不过。
但是，寻找五色石没有这么容易，女娲走遍山川草地，寻遍江河湖海也只找到了四块五色石。剩下的一块到底在哪里呢？女娲找着找着，时间也就这么一天天过去，天门还在源源不断的涌出洪水，百姓们的生活是苦不堪言，如果继续这样下去，人类必将灭绝。女娲为了她心爱的孩子们，破例先用四块五色石煮成熔浆炼制七七四十九天，等到溶液浓度正好稠密的时候，用溶液聚合堵住天门。
洪水总算止住了，但是，由于缺了一块五色石，所以天空留下来的是一片乌黑色，虽说是不再涌出洪水，可空中也是阴雨连绵。百姓们齐心协力，共同修河筑堤，重新种植庄稼，盖新房。女娲看到她的孩子们如此团结，大地一片欣欣向荣的景象，她欣慰地笑了。
女娲牺牲自己，化作了最后一颗五色石。遥远的天边刹那间光芒四射，出现了一片灿烂的晚霞。
