马凡氏综合征是先天的遗传性结缔组织疾病，最常见的症状是骨骼畸形。瘦削细长的身材、长脸、凹陷的眼窝——林肯的长相就是这样，很难看。林肯还可能患有遗传性共济失调，这是一种神经性疾病，病变主要会累及脊髓、小脑和脑干。
一位对美国历史做出伟大贡献的总统，可能患有这些引起低能、残疾联想的疾病。会不会影响他的形象呢?美国人认为不会。美国马凡氏综合征基金会的人员表示，富兰克林·罗斯福总统患有小儿麻痹症，该病因此更加受到社会重视。同样，林肯“也能极大地帮助人们认识马凡氏综合征”。明尼苏达大学基因学教授劳拉·蓝伦则认为，如果林肯患有遗传性共济失调，那是个很好的榜样。证明人可以战胜生理残疾，成就伟大事业。
许多美国人都缅怀林肯这位“伟大的解放者”，但林肯并不是一位没有瑕疵的总统。2009年1月19日的《新闻周刊》刊登了一篇题为《让我们(国家)合为一体的人》的文章，提醒读者，在赞扬像林肯这样一位伟人的时候，不要忘记了历史上真实的林肯，不要把他变成一个过于美好的国家神话。
政治领袖一旦成为国家神话，公众和历史学家就可能讳言他生前那些“不便多提的真相”。其实，又有哪一位政治人物一生只有光明而没有阴影呢?
林肯对种族问题的看法也与今天赞扬他废奴的人们所想象的不同。在1858年的竞选辩论中他声称：“我不想让白人和黑人在政治和社会地位上平等。这两个种族是有实质区别的。我认为，这使得他们永远不可能平等地在一起生活。”他还认为：“黑人不宜成为选举者、陪审员，也没有资格担任公职或与白人通婚。”
林肯维护了美国的统一，但许多美国人对他可能代表的国家主义心怀警惕。林肯深深了解霍布斯所说的雅种怪兽国家(“利维坦”)，但需要时却又有意将它引入美国的制度。
林肯与左派和共产主义运动的关系。更增加了他在美国的争议。1864年林肯连任总统时，马克思给他寄来了贺信，请当时在伦敦的美国大使查尔斯·亚当斯转呈。信中说：“欧洲工人们本能地觉得，星条旗担负着工人阶级的命运。”所以1930年西班牙内战时期，到西班牙参战的美国左派组成了“林肯营”，还举行了“林肯——列宁”游行。
林肯于1809年2月12日与达尔文在同一天出生。威廉·赫登是林肯当律师时的合作人，他回忆说，林肯年轻时崇拜潘恩和伏尔泰，而且在许多人还没有听说过达尔文的名字时就阅读过他的著作了，“从此相信普世法则和进化论，再没有改变”。林肯从相信种族有天生差异到主张废奴的思想转变，是逐渐的变化，不是革命的飞跃。在林肯最不愿意谴责美国蓄奴制时，他已经知道，这个制度是“长不了的了”。
历史上的林肯不是一尊铸成石膏像的圣人，那个具体政策上有种种偏差的林肯和那个以远大眼光注视国家未来的林肯本是同一个人。
