书中的三个故事很简单：
1904年，里斯本博物馆工作人员托马斯为了寻找一件圣物，而踏上前往葡萄牙高山区的公路旅行，穿插于期间的，是各种黑色幽默;
1938年12月31日的夜晚，布拉干萨病理医生欧塞比奥邂逅了自己的妻子，解剖了从葡萄牙高山区而来的玛丽亚的丈夫拉斐尔的尸体;
1980年，加拿大参议员彼得为了寻根和避世，带着猩猩奥多，回到了葡萄牙高山区，并最终得归平静。
三个简单的故事，却在马特尔的笔下相互关联，并且有了奇幻的色彩。平凡加上奇幻，让整本书有了多种角度解读的可能。信仰、家园、自然、归宿......
关于信仰，相信很多人都可以发表大段的言论。有的会批评：现在的中国人普遍缺乏信仰;有的人会敬畏：宗教的信仰玄之又玄;有的人会迷茫：我究竟该信仰什么。而马特尔告诉我们，信仰，很平常很普通，甚至很原始很复古，只是对生命本真的爱与守护。而为了阐明这个观点，作者以基督教为主线，设置了几个有意思的等式。
等式一：耶稣=黑猩猩
这一等式，贯穿于整本书之中。故事的开始，托马斯驾驶着“新式”的汽车，千辛万苦的跋涉在葡萄牙的乡间，衣不蔽体、风餐露宿，所追求的的只是乌利塞斯神父所留下的礼物，为了将这个珍宝公之于众，为了抗议上帝夺走了他的妻儿，他最珍视的一切。对于上帝的不公，他有反抗，但却没有质疑。所以，在最终发现苦像上的耶稣，他对于人世幻象的向往，只是一只黑猩猩时，他哭了——我们只是我们，耶稣也是我们，我们都是猿猴的后代。在《归途》，当欧塞比奥医生剖开拉斐尔的腹腔时，看到的是一只黑猩猩拢着一只棕色的小熊崽。黑猩猩不仅仅是拉斐尔父爱的凝结，因为在第三个故事里告诉我们，小熊崽不仅仅是拉斐尔的孩子，更是可敬者，是金童。而怀抱着他的，无疑也是耶稣。此外，出现在三个故事中的黑猩猩，也一样经历了耶稣的路：被钉上十字架、死去、重生;被世人认为异物到启发世人和万物。耶稣也是普通人，我们每个人都是耶稣，这是乌利塞斯神父在目睹了黑人奴隶之后所领悟的众生平等的真相，也是我们。
此外，三个故事设置的时间也非常有意思。《无家可归》和《归途》之间隔了34(33)年，《归途》和《家园》之间隔了43年。而耶稣是上午9时左右被钉上十字架，下午3时左右受难，第三天4、5时左右复活，之间的时间隔了43-44个小时。
并且，故事里各个主角的名字也与《圣经》相关。托马斯是历史上最伟大的神学家，拉斐尔是《圣经》中操治愈术的天使长、彼得是耶稣十二门徒之一。
等式二：福音书=证人证词
这一等式，主要集中在《归途》部分，欧塞比奥医生之妻玛丽亚对于神迹、教义、福音书的解读。福音书不是四名记者的报道，而是对教义的各自解读，就像一场凶杀案的证人，他们见证了事实，但是他们只能从他们自身的角度去解读事实。“每个证人在某种程度上都是不可靠的。”因为“会遗漏线索，曲解事件关键，无法领会要点。”所以，“四本书，每本都和其他几本略有不同，每本都和其他几本有逻辑冲突，就像同一案件的不同证词常常互相矛盾一样。”而我们所要做的，只是通过这些不同的解读，去摸索事情的真相而已，去领悟真理即可，不可完全相信，也不能完全不信。
等式三：教堂=葡萄牙的高山区
高耸的尖顶、肋拱、飞扶壁，绚丽的壁画、天顶，很多的教堂都成为了富丽堂皇的代名词。但是它们，跟葡萄牙的高山一样，不过是虚荣的产物而已。将贫瘠的荒野作为炫耀的资本，视作掌上明珠，和将教堂打扮地不伦不类一样，是种荒唐。葡萄牙的高山区，就该是“只有一片广袤、起伏的草原，几乎不见树木;这里凉爽、干燥，被明朗沉静的阳光漂得发白”。教堂也本该是“低矮的建筑，朴素、简洁”。唯一重要的，是高山区朴素的百姓和教堂里飞扬的圣歌而已。
